Tokimeki começa com Arare, uma garota humana normal que enquanto atravessa um cemitério no caminho para seu primeiro dia no colegial, ela é interceptada por Rokurokubi-sensei (rokurokubi = uma youkai com pescoço muito longo) que abduz Arare para a Mononoke Jyogakuen, uma escola para meninas youkais. Depois de Arare descobrir que ela não pode deixar a escola, ela tem que fingir que é uma youkai, que envolve esconder seu umbigo das outras estudantes, já que youkais de verdade não tem um. Duas estudantes descobrem o segredo da Arare antecipadamente e ajudam-na a se enturmar. Arare se apaixona e é correspondida, mas não pode se relacionar com um youkai de verdade senão....