A trama de Yu-Gi-Oh R se passa após Marik Ishtar ser derrotado no arco "Cidade das Batalhas" do mangá original. Yugi Muto finalmente possui os três "Deuses Egípcios" em seu baralho. Porém, alguém invade o sistema central da Corporação Kaiba e essa pessoa se chama Yako Tenma, filho adotivo de Pégasus J. Crawford que quer vingar-se de Yugi por ter derrotado seu pai. Ele pretende ressuscitar Pegasus e para isso ele sequestra Anzu. Yugi e seus amigos vão para a Kaiba Corporation resgatar Anzu e ao entrarem eles veem que Yako colocou um prêmio na cabeça de Yugi e o duelista que puder derrota-lo ganha o prêmio.